Bioinformatics…yupz ilmu inilah yang saat ini sedang aku dalami, yang insya Allah akan menjadi arah thesisku. Ilmu yang masih dibilang baru di negeri ini. And masih cukup sedikit ahli di bidang ini. Semoga aja apa yang nantinya aku kerjakan bener2 bermanfaat bagi umat manusia ^^ *halah berlebihan
oke…di tulisan kali ini aku pingin sedikt berbagi ilmu saja mengenai epitop. Dengan bantuan seorang temen yang kebetulan sudah menjadi dokter di kalimantan (thanks buat sharing ilmunya Ro..), aku mendapatkan penjelasan berikut…
Epitop adalah bagian dari suatu antigen (biasanya protein) yang dipersentasikan oleh APC (antigen presenting cells, misalnya sel dendritik, sel makrofag). Epitop sering juga disebut determinan antigenik. Ini merupakan sekuens asam amino yang dipersentasikan melalui kompleks HLA (pada manusia MHC) kemudian dipresentasikan ke sel efektor (misal limfosit T helper) yang kemudian akan menimbulkan respon imunitas.
Ditulisan yang laen epitop didefinisikan sebagai antibodi yang berinteraksi dengan antigen.
3 metode yang bisa digunakan untuk proses identifikasi epitop adalah Immonokimia, crystallograpohy X-Ray dan metode prediksi. Dari hasil penelitian, imunogen sedikitnya harus memiliki 2 determinan atau 2 epitop untuk dapat merangsang antibody. Identifikasi epitop ini nantinya akan sangat berguna dalam pembuatan vaksin.
Ada epitop linier dan epitop konformal. Jumlah epitop liner di dalam protein asli hanya 10 %, sementara sebagian besar epitop sel-B dikenal dalambentukkonformal. Epitop konformal tersusun atas beberapa segmen diskontinu sebagai antigen determinan yang secara spasial sangat dekat dengan struktur 3 dimensi. Prediksi Epitop konformal dapat digunakan untuk memprediksi susunan residu, lokasi epitop, immunological property epitop, antigen sumber dan antibody yang sesuai. Gambaran antara epitop dengan antobody tuh seperti kunci dengan gemboknya..(what’s mean??? wait in next tutorial)
Dalam rekayasa genetika (teknologi DNA rekombinan misalnya), misalnya pada desain vaksin, peneliti sering mengeksplorasi sekuens asam amino (dan sekuens DNA) dari epitop ini dalam desain vaksin yang efektif. Informasi genetik dari epitop ini akan dirakit, misalnya dalam bentuk plasmid (dengan konstruksi khusus, ada bahasan tersendiri-red) yang akan ditransformasikan (dimasukkan) dalam sel yang kompetsen semisal bakteri, yeast, dll dan kemudian dilakukan kultur (perbanyakan).Harapannya sel yang kompeten tersebut akan memproduksi protein rekombinan dari epitop/antigen yang telah dikonstruksikan dalam plasmid dan akhirnya protein tersebut bisa dipurifikasi sehingga bisa dipergunakan dalam vaksinasi.
Jadi emang epitop ini bisa diekplorasi dalam teknologi rekayasa DNA (genetika).
Oke…segitu dlu deh sharingnya…yang jelas ketika belajar Bioinformatics khususnya ketika sudah masukke materi genome and Protein Molecular aku jadi semakin takjub dengan kebesaranNya…subhanallah…begitu sempurna ciptaanNya ^^
